方格星虫科（学名：Sipunculidae）是一种属于星虫动物门、方格星虫纲、方格星虫目的生物。
个体通常较大，触手围绕口部，纵肌层分离成束，躯干前端无肛门盾。
方格星虫科主要分布于浅海或潮间带的泥砂中，适应性较强。
方格星虫科下分为5个属，其中在中国发现的有管体星虫属、方格星虫属2个属。