三妙丸的功能主治是燥湿清热，消肿止痛。用于湿热下注引起的湿热痹证、湿疹痒痛、脚气肿痛、湿热带下病等症，见有足膝关节红肿疼痛重着、腰痛、乏力、纳呆及带下色黄、味臭、阴部搔痒、小便短赤等。现代多用于风湿性关节炎、重症肌无力、下肢进行性肌萎缩、阴囊湿疹、骨盆腔发炎、宫颈炎等有以上表现者。