小柱芥属（学名：Microstigma）是十字花科下的一个属，为一年生草本植物。该属共有4种。
一年生草本，全株密生分枝毛及散生有柄的腺毛；茎直立，不分枝或上部分枝；叶披针形或倒披针形，全缘；总状花序顶生，有多数花；萼片直立，长圆形，内轮基部囊状；长角果短，垂生，弯曲，扁平；种子大，圆形，扁平，有窄翅；子叶缘倚胚根。
主要分布于中亚。在中国，小柱芥属有短果小柱芥一种，主要生长在甘肃省的干燥山坡上。